La stazione di Shin-Aomori è stata aperta il 1º novembre 1986 dalle Ferrovie Nazionali Giapponesi, l'anno seguente in seguito al fallimento dell'azienda pubblica e alla sua divisione l'impianto è stato posto sotto l'egida della East Japan Railway Company. Nel nuovo millennio la stazione è stata destinata a diventare il punto di collegamento tra il Tōhoku Shinkansen (prolungato di circa 80km) ed il nuovo Hokkaidō Shinkansen, i lavori sono iniziati nel 2007 e il collegamento meridionale è stato completato nel 2010 mentre l'apertura della nuova linea verso l'isola di Hokkaidō è fissata al 2016.
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